Les tests diagnostiques sont-ils fiables? #

Vous avez peut-être vu passer sur le web des articles et/ou vidéos mettant en garde contre la fiabilité des tests utilisés pour le diagnostic du covid-19. Ces mises en garde sont de deux types:

1. Celles attirant l’attention sur le fait que la confiance qu’on peut accorder au résultat d’un test dépend de la prévalence de la maladie, c’est-à-dire de la proportion de personnes malades dans la population à laquelle on appartient (voir par exemple cet article d’Etienne Klein, ou ce post de blog (en anglais), parus tous deux au début de la crise sanitaire);

2. Celles concernant “l’hypersensibilité” potentielle des tests RT-PCR, qui conduirait à considérer comme contagieux des individus “sains” (voir par exemple cet article de presse).

Concernant le point 1 #

Une mise en perspective du rôle de la prévalence d’une maladie dans l’évaluation correcte des résultats d’un test diagnostic est réalisée dans ce document. Il y est notamment expliqué qu’il n’est souvent pas pertinent de considérer la prévalence de la maladie dans la population générale pour calculer les probabilités (post-test) de “faux positif”, “faux négatif”,… En effet, les tests sont le plus souvent réalisés sur base d’une suspicion préalable de contamination (que ce soit en raison de symptômes spécifiques, ou d’un contact rapproché avec une personne infectée dans le cas d’une maladie contagieuse). Or, la prévalence d’une maladie dans la population générale n’est pertinente pour l’interprétation d’un test diagnostic que dans le cadre d’un dépistage massif (voir aussi cet article).

Concernant le point 2 #

Si les test RT-PCR sont effectivement capables (en théorie) de détecter des quantités de virus très petites, de sorte qu’on peut effectivement se demander si l’individu concerné est contagieux à ce moment, c’est ce fait même qui peut également garantir qu’un individu avec une charge virale élevée, dont la contagiosité est certaine, a très peu de chances de ne pas être identifié comme malade. Autrement dit, c’est avec un test de sensibilité élevée qu’on peut minimiser le nombre de “faux négatifs”. De plus, bon nombre des soi-disant “faux-positifs” identifiés par RT-PCR sont soit des contagieux en devenir (individus testés trop tôt), soit des malades qui ont déjà dépassé le pic de charge virale (individus testés trop tard), mais dont il est important de confirmer le diagnostic pour décider s’il faut isoler leurs contacts récents, potentiellement eux-mêmes contagieux (cf. notamment cet article). Il ne faut oublier non plus que la quantité de virus dans l’échantillon peut également sous-estimer la véritable charge virale de l’individu (si le prélèvement n’a pas été parfaitement effectué, si l’échantillon a été endommagé lors du transport jusqu’au laboratoire d’analyse,…)

Enfin et surtout, force est de constater que beaucoup d’individus contagieux, possédant une charge virale telle qu’ils auraient sans équivoque été identifiés comme positifs par RT-PCR (“vrais positifs”), n’ont tout simplement pas été testés et/ou isolés à temps, sinon nous n’aurions jamais connu une telle deuxième vague… La question de possibles “faux positifs” semble donc bien mineure en comparaison.

Des informations plus détaillées sur les principes et limitations des test RT-PCR sont notamment données dans cette vidéo.